萌宝战警穿越虫洞坠落未来地球，发现世界已被海水吞没，人类被迫移居海底。地心生物通过归墟入侵海洋，散播病毒破坏生态。铁算盘却与这些异类联手对付海洋守护者。萌宝战警为拯救地球，冒险潜入深海寻找归墟并与铁算盘和地心生物展…

　　一个美丽的小镇出现了一位神秘的冰淇淋小贩，他所供应的美味冰品让孩子们疯狂，全镇因此陷入失控……

萌宝战警经历万难终于在第三季结尾得到了“生命能源”后，却在最后一次穿越返家回程中，被世星大帝篡改了时空之门，萌宝战警和铁算盘一同被传送到了距离地球1500光年的虫族霸格星，这是一颗和世星同处泰比星系的星球，被噬星大帝垂涎已久…

继萌宝战警第二季之后，宇宙邪恶实力士星大帝以及余党铁算盘、塔库玛司令之类再次受到挫败，萌宝战警拯救了地球上的恐龙等古生物，这些活化石见证了整个地球的繁衍盛衰，同时也回归到了适合的生存环境，它们将于人类和谐共处。